A történet egy ninja faluban kezdődik, Konohában. Naruto ,a hiperaktív ninjadiák mindig fel akarja hívni magára a figyelmet, mivel nincsenek szülei. Naruto a Geninné válás próbáján átmegy, nem is szokványos módon. Bekerül egy csapatba, melynek tagjai az ellenszenves, csendes Sasuke, a "kétarcú" lány Sakura, és a  titokzatos, folyton elkéső sensei, Kakashi. A történet igazi szála a 100.-adik rész környékén kezd beindulni, amikor is Sasuke elakarja hagyni Konohát,de Narutoék utána mennek....

A történet folytatása a Naruto Shippuuden,melyben kibontakozik az Akatsuki szál is. Ez a rejtélyes bűnszervezet a világban elszórva meglévő démonokat próbája befogni. Végül a Shinobivilág összecsap a szuper gonoszakkal és egy hatalmas háború kerekedik a történetből.

A történet kitalálója: Masashi Kishimoto.